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同じことになりました。

ノートPCのDropboxをアンインストールして、フォルダも削除（クラウド上のDropBoxに残ってるので）しました。

その後、新たにDropboxをインストールすると、指定した場所にフォルダが自動ダウンロードされて、元通り使えるようになりました。

ローカルフォルダを残したまま作業するとファイルがダブったり、いろいろ面倒でした。